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Hydroxyméthylation d'ADNAucun produit dans cette catégorie.
Qu’est-ce que la 5-hydroxyméthylcytosine?
La 5-hydroxymethylcytosine (5-hmC) est la forme hydroxylée de la très connue 5-methylcytosine (5-mC). Elle a été découverte en premier dans l’ADN de bactériophage en 1952[1]. Durant de nombreuses décades, l’étude sur l’hydroxyméthylcytosine se concentrait sur son effet protecteur pour l’ADN du phage. Ce n’est que très récemment que l’on a étudié son rôle dans le développement du cerveau humain et de souris , ainsi que dans les cellules souches embryonnaires [2],où l’hydroxyméthylcytosine est présente de façon vaste et elle peut être générée par oxydation de la 5-méthylcytosine, réaction catalysée par une enzyme appelée Tet[3].
On parle également de la 5-hmC comme la 6ème base de l’ADN en référence à la 5-méthylcytosine considérée comme la 5ème base par certains auteurs. La 5-hmC peut également être modifiée par certaines glucose-transférases sur la position hydroxyle pour former la glucosyl-5-hydroxymethylcytosine.
La fonction exacte de cette base modifiée est toujours à l’étude mais on pense qu’elle serait impliquée dans la déméthylation d’ADN ou la régulation d’expression de gènes. Cependant, l’absence d’une technique valide qui pourrait détecter la 5-hmC de façon précise et sensible empêche les chercheurs d’explorer sa fonction biologique. Cela résulte du fait que la 5-hmC se comporte de façon très similaire à son précurseur, la 5-mC pour la réaction de conversion au bisulfite et pour la digestion avec enzymes de restriction [4, 5]. Zymo Research a dépassé cet obstacle et a lancé le premier kit disponible pour la détermination de la séquence spécifique, le Quest 5-hmC Detection Kit™.
References
[1] Wyatt GR, Cohen SS(1952) . A new pyrimidine base from bacteriophage nucleic acids. Nature 170 (4338) 1072-3.
[2] Kriaucionis S, Heintz N (2009). The nuclear DNA base 5-hydroxymethylcytosine is present in Purkinje neurons and the brain. Science 324 (5929): 929-30.
[3] Tahiliani M et al. (2009). "Conversion of 5-methylcytosine to 5-hydroxymethylcytosine in mammalian DNA by MLL partner TET1". Science 324 (5929): 930–35
[4] Huang Y.,et al (2010) The Behavior of 5-Hydroxymethylcytosine in Bisulfite Sequencing PLoS One.; 5(1) e8888
[5]Jin S et al., (2010) Examination of the specificity of DNA methylation profiling techniques towards 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine Nucleic Acids Res. 38(11): e125.
La 5-hydroxymethylcytosine (5-hmC) est la forme hydroxylée de la très connue 5-methylcytosine (5-mC). Elle a été découverte en premier dans l’ADN de bactériophage en 1952[1]. Durant de nombreuses décades, l’étude sur l’hydroxyméthylcytosine se concentrait sur son effet protecteur pour l’ADN du phage. Ce n’est que très récemment que l’on a étudié son rôle dans le développement du cerveau humain et de souris , ainsi que dans les cellules souches embryonnaires [2],où l’hydroxyméthylcytosine est présente de façon vaste et elle peut être générée par oxydation de la 5-méthylcytosine, réaction catalysée par une enzyme appelée Tet[3].
On parle également de la 5-hmC comme la 6ème base de l’ADN en référence à la 5-méthylcytosine considérée comme la 5ème base par certains auteurs. La 5-hmC peut également être modifiée par certaines glucose-transférases sur la position hydroxyle pour former la glucosyl-5-hydroxymethylcytosine.
La fonction exacte de cette base modifiée est toujours à l’étude mais on pense qu’elle serait impliquée dans la déméthylation d’ADN ou la régulation d’expression de gènes. Cependant, l’absence d’une technique valide qui pourrait détecter la 5-hmC de façon précise et sensible empêche les chercheurs d’explorer sa fonction biologique. Cela résulte du fait que la 5-hmC se comporte de façon très similaire à son précurseur, la 5-mC pour la réaction de conversion au bisulfite et pour la digestion avec enzymes de restriction [4, 5]. Zymo Research a dépassé cet obstacle et a lancé le premier kit disponible pour la détermination de la séquence spécifique, le Quest 5-hmC Detection Kit™.
References
[1] Wyatt GR, Cohen SS(1952) . A new pyrimidine base from bacteriophage nucleic acids. Nature 170 (4338) 1072-3.
[2] Kriaucionis S, Heintz N (2009). The nuclear DNA base 5-hydroxymethylcytosine is present in Purkinje neurons and the brain. Science 324 (5929): 929-30.
[3] Tahiliani M et al. (2009). "Conversion of 5-methylcytosine to 5-hydroxymethylcytosine in mammalian DNA by MLL partner TET1". Science 324 (5929): 930–35
[4] Huang Y.,et al (2010) The Behavior of 5-Hydroxymethylcytosine in Bisulfite Sequencing PLoS One.; 5(1) e8888
[5]Jin S et al., (2010) Examination of the specificity of DNA methylation profiling techniques towards 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine Nucleic Acids Res. 38(11): e125.
